تتأثر الأجنة بنوعية البويضات ونوعية الحيوانات المنوية، فكلما زاد عمر المرأة تكون نسبة النجاح عملية طفل الأنابيب أقل ويمكن أن يكون ذلك بسبب أن البويضات الأكبر عمراً تكون أقل قابلية للتلقيح.هذا بالإضافة ان وجود تشوه في أشكال الحيوانات المنوية يؤثر أيضا على نجاح العملية حيث يؤدي ذلك الى تشوه الأجنة بسبب تشوه الكروموسومات وهنا فإن الأجنة لا تلتصق بجدار الرحم أوقد ينتهي الحمل عندها بالإجهاض في عمر 8 اسابيع تقريبا.
وفي بعض الأحيان قد يكون السبب مشكلة في البطانة البطانة الداخلية للرحم حيث أنها من المفروض أن تستجيب لهرمونات الجسم وتتهيأ تبعاً لذلك لاستقبال الحمل، ولكن في بعض الأحيان تكون رقيقة بحيث يصعب التصاق الجنين بها. لكن في كل الأحوال فإن العلم يتقدم في هذا المجال وبإذن الله يوجد حلول لذلك.