أسباب تشوه الجنين قد ترتبط بعض العوامل التي تتداخل مع تطور الجنين الطبيعي وراثياً إلى سلوكيات الأمهات و الأمراض ومن هذه السلوكيات تناول الكحول او متلازمة الكحول الجنينية و هو أفضل مثال على سلوك الأمهات الذي يسبب تشوهات الجنين.
ويرتبط مرض السكري مع احتمال التشوهات الجنينية الكبرى , و الالتهابات التي تحدث في الأشهر الثلاثة الأولى يمكن أيضاً أن يسبب تشوهات الجنين, أو الحصبة الألمانية , مرض الجدري ، وداء المقوسات تناول الأدوية مثل الثاليدومايد في وقت مبكر من الحمل يمكن أيضاً أن يسبب تشوهات الجنين الرئيسية, و ترتبط الأدوية المضادة للمصادرة أيضاً مع التشوهات الخلقية.
ايضا يرتبط تدخين السجائر مع تقييد نمو الجنين و الولادة المبكرة التدخين قد يسبب أيضاً مشاكل مع تطور الدماغ و نظام القلب والأوعية الدموية و الجهاز التنفسي .التعرض للماريجوانا أثناء الحمل قد يؤدي إلى انخفاض الوزن عند الولادة، و نزيف داخل الجمجمة و انخفاض نسبة السكر في الدم و انخفاض مستويات الكالسيوم في الدم، أو التهاب في الدم يسمى تعفن الدم. استخدام الماريجوانا في فترة الحمل يمكن أن يسبب مشاكل أخرى في الطفل مثل سوء التغذية، والتهيج، والتنفس السريع.
استخدام العقاقير الأفيونية مثل الهيروين أو الميثادون خلال فترة الحمل يمكن أن يؤدي إلى تقييد نمو الجنين و الولادة المبكرة و انخفاض الوزن عند الولادة.من المعروف أن تعاطي الكوكايين يسبب مشاكل عديدة خلال الحمل. و تشمل هذه الإجهاض تقييد نمو الجنين، و استخدام الكوكايين يمكن أن يؤدي إلى صغر الرأس و الدماغ صغير جدا.يمكن أن الأشعة السينية يسبب مشاكل مع نمو الجنين و الإشعاع و العلاج الكيميائي من الاسباب التي تؤثر في تشوه الجنين.