لعل أهم الصعوبات التي تعترض الأطباء في هذا المجال هي التالية :
1. عدم نجاح عملية التلقيح من المرة الأولى، ومن الدورة الشهرية الأولى، إلا في 20% من جميع الحالات، حسب إحصاءات الجمعية الأميركية للخصوبة المتحصلة من 245 مركز تلقيح في عام 1992.
2. وجوب تكرار عملية التلقيح عدة مرات خلال ثلاث أو أربع دورات شهرية .
3. عدم علوق المضغة في بطانة الرحم وسقوطها في الساعات الأولى بعد وضعها داخل جوف الرحم .
4. حصول إجهاضات متكررة حتى بعد العلوق، أي خلال الأسابيع الأولى من التكوين .
5. وجوب تمتع المرأة بصحة جسدية ونفسية جيدة، وأن لا يتعدى عمرها الثلاثين أو الخامسة والثلاثين سنة، وأن تكون صبورة ومتفهمة للوضع وغير متأففة، ومستعدة للتضحية وتتحمل الإزعاجات وتلتزم إرشادات الأطباء .
6. ارتفاع كلفة العملية، ذلك أن كلفة عملية التلقيح هذه تتراوح ما بين ثلاثة آلاف وثمانية آلاف دولار أميركي .
هذا مع العلم أن عملية التلقيح في أنبوب المختبر ( طفل الأنابيب) لم تعد مقتصرة على النساء اللواتي بعانين من انسداد في الأنابيب الرحمية فقط، كما كان الحال في السابق، بل أصبح إجراؤها موصى به عندما تكون المرأة مصابة بمرض الأندوميتريوز، أي مرض الخلايا المفرزة للدم الشهري، أو عندما يكون عدد النطف المنوية عند الزوج منخفضا للغاية، أو عندما تكون أسباب العقم مجهولة وغير مفهومة .
وفي صدد الحديث عن الطرق المتبعة اليوم في التلقيح الاصطناعي والتطور الهائل الحاصل في هذا المجال، لا بد من الإشارة السريعة لطريقة الاستنساخ المبتكرة حديثا في التخصيب الاصطناعي ولو باقتضاب قدر الإمكان وذلك تعميما للمعرفة، نظرا لما تحمله هذه الطريقة من أهمية بالغة في مجال الهندسة الوراثية والتناسل وتطوير علم الأجنة في المستقبل القريب والبعيد .